Die ursprüngliche Begabung Kurt Hubers ist die Musik. Er hat ein absolutes Gehör und ein äußerst gutes Musikgedächtnis. So stellt neben der Philosophie und Psychologie die Musikwissenschaft einen seiner Arbeitsschwerpunkte an der Universität dar. Die bereits 1919 abgeschlossene Untersuchung »Der Ausdruck musikalischer Elementarmotive« wird 1923 publiziert.
Obwohl Kurt Huber viele wissenschaftliche Abhandlungen über bisher wenig erschlossene Randgebiete der Musikforschung verfaßt, bleibt seine Lieblingsbeschäftigung doch die Pflege des Volkslieds.
Er sieht jedoch das Volkslied nicht als ein rein künstlerisches Werk an, sondern fragt nach seinem Wesen, welche Geisteshaltung es verkörpert und welchem Umfeld es entstammt. Diese Fragestellung läßt ihn erkennen, daß diese ursprüngliche Kunst das Wesen eines ganzen Volkes, dessen Gefühle und Sehnsüchte zum Ausdruck bringt. Die im Volkslied so oft besungene Freiheit und Nächstenliebe, ebenso die Verwurzelung mit der Religiosität und der Natur, stellen für Kurt Huber Werte dar, die unbedingt zu erhalten bzw. wiederherzustellen sind. Ab ca. 1929 leistet Kurt Huber bemerkenswerte Forschungsbeiträge auf dem Gebiet der Volksliedkunde. Er reist mit dem Kiem Pauli durch Bayern, schreibt sehr viele Melodien auf und sammelt alles, was er über das Volkslied in Erfahrung bringen kann. So erscheint 1929 eine Volksliedsammlung »Bayerische Volkslieder«.
Doch mit der bloßen Herausgabe einer Liedersammlung gibt sich Kurt Huber nicht zufrieden, er analysiert die Texte und Melodien, wobei ihm sein umfassendes Wissen in Philosophie und Psychologie, das seine musikalische Begabung hervorragend ergänzt, zu Hilfe kommt.
Durch seine Publikationen über Musikpsychologie, Musikästhetik und vokaltheoretische Forschungen bekommt er bald Aufträge der deutschen Akademie. 1936 wird er Mitglied der Akademie und Leiter der Musikwissenschaftlichen Volksliedersammlung Bayerns. Ein Jahr später erfolgt der Ruf nach Berlin. Ihm wird versprochen, daß er dort an der Musikwissenschaftlichen Hochschule Vorlesungen halten dürfe. In Berlin baut er das Volksliedarchiv auf. Das Versprechen, in Berlin dozieren zu dürfen, wird nicht eingelöst.
Rosemarie Schumann hat in ihrer Biografie die „Maulwurfsarbeit“ akribisch recherchiert, mit der der NS-Funktionär Herbert Gerigk, Leiter der „Hauptstelle Musik beim Beauftragten des Führers (Amt Rosenberg)“ Kurt Huber schon im Jahr nach seiner Berufung wieder zu Fall brachte. Ins Visier Geriks war Huber geraten, als er sich entschieden dagegen verwahrte, dass ein Individuallied – gemeint war vor allem das Horst-Wessel-Lied -, zum Volkslied werde, wenn es von einer Gemeinschaft übernommen wird. Dies und der nach Hubers Auffassung unbestreitbare geschichtliche und religiöse Bezug echter Volkslieder reichten aus, klarzumachen, dass die nationalsozialistischen Absichten, die Kampf- und Stampflieder der Nazis als Volkslieder zu adeln, für Huber ein Unding waren und mit ihm nicht zu machen. „Es war Hubers grundsätzliche Schwäche, die politischen Absichten hinter der Volksliederinnerung der Nationalsozialisten – diese Notwendigkeit der Räusche – nicht zu erkennen. Damit hat er sich auf diesem Gebiet nicht nur ins zeitgeschichtliche Abseits gestellt, sondern ist auch ganz unversehens in die Rolle des Systemgegners geraten“, schreibt Rosemarie Schumann. Hubers Abstinenz gegenüber männerbündischen Räuschen war ausreichend, seinen Traum abrupt zu beenden, sich in Berlin umhabilitieren zu lassen und einen musikwissenschaftlichen Lehrstuhl zu erlangen. Für Gerigk war es ein Leichtes, Hubers Karriereplanung mit einer ausgeklügelten politischen Intrige zu beenden.
So sah sich Huber 1938 gezwungen, mit seiner Familie den Weg zurück nach München anzutreten, wo er in Gräfelfing eine Wohnung nahm. Im Jahr darauf kam sein Sohn Wolfgang zur Welt. Der Zufall wollte es, dass Carl Orff im Oktober 1939 von Schwabing nach Gräfelfing gezogen war, wo er nach der Steinkirchner Straße bald darauf seinen Wohnsitz in der Ritter-von-Epp-Straße 21 nahm – nur einen Steinwurf vom Haus Nr. 5 entfernt, wo die Hubers wohnten. In der Folge kam es unter der gastfreundlichen Fürsorge von Clara Huber zu häufigen Begegnungen zwischen dem Musikwissenschaftler und dem Komponisten, dem durch die Uraufführung der Carmina Burana am 8. Juni 1937 im Opernhaus der Städtischen Bühnen in Frankfort am Main der erhoffte Durchbruch als Komponist gelungen war. Auch Carl Orff hatte mit den Einwänden der NS-Musikwächterschaft Gerigks zu kämpfen. Vor allem das monierte, unverständliche „Mönchslatein“, „artfremde“ rhythmische Elemente und die „Jazzstimmung“ hatten die Befürchtung genährt, dass das Werk kurzfristig als „unerwünscht“ verboten werden würde.
In seinen wissenschaftlichen Erfahrungen, die Kurt Huber auf den Spuren seines Vorbildes Herder in Deutschland gemacht hatte, findet er den Grundstock zur Entwicklung einer Typologie des Volksliedes in ganz Europa. Er macht Forschungsreisen in Süd-Ost-Europa, so z.B. mit dem Rektor der LMU, Walther Wünsch, nach Bosnien, um nach geographischen Gesichtspunkten Unterschiede in der Volksliederpsychologie festzustellen.
Darüber hinaus beschäftigt er sich auch mit Volksmusik, die unserem Kulturkreis nicht angeschlossen ist, z.B. mit Gesängen des Korans und mit indischer Musik.
Kurz vor seiner Verhaftung ist Kurt Huber damit beschäftigt, Volkslieder nach gestaltungspsychologischen, musikalischen und rhythmisch-metrischen Gesichtspunkten zu katalogisieren. Dazu entwickelt er eigens ein Gerät zur Bestimmung von Tonfrequenzen. Über diese Arbeit hinterläßt er eine fast abgeschlossene Studie, die jedoch nie veröffentlicht wird.
